Sverige befann sig i en säregen situation efter Johan III död i november 1592. Den nye kungen var Johans son Sigismund som sedan 1587 varit kung i det katolska Polen. I januari 1593 kallade Johan III:s yngre bror hertig Karl, som styrde Sverige då Sigismund befann sig i Polen, till kyrkomöte i Uppsala. Möte drevs av gamla vasaelever och de beslut som fattades innebar att Sverige skulle vara en evangelisk-luthersk bekännelsekyrka.
Då Sigismund återkom till Sverige fick han besked om att ingen kröning var aktuell innan han avgett en försäkran som innebar att Sverige skulle behålla sin religion, att svensk lag skulle gälla och att adeln skulle få behålla sina privilegier. Förhandlingarna drog ut på tiden och först i början av 1594 kunde kröningen ske i Uppsala.
Då kungen återvände till Polen bestämdes att landet skulle styras av hertig Karl och rådet tillsammans. Karl var långt ifrån nöjd med detta beslut utan inledde en kampanj för att få makten i landet. Genom att söka stöd av de lägre stånden i riksdagen kunde han utmanövrera rådsadeln som slutligen flydde till Polen. Sigismund rustade för att återerövra sitt eget land. Han vann Kalmar och Stockholm men när kom till Östergötland där hertig Karl befann sig inleddes stridigheterna vid Stegeborg (Mem). Karl slogs tillbaka och retirerade mot Linköping. Under de följande dagarna försökte man finna en förhandlingslösning men när Karl samlat sina trupper ställde kan krav på att fortsätta styra landet som han gjort de senaste åren. Tidigt på morgonen den 25 september 1598 inleddes stridigheterna men den täta dimma gjorde att arméerna inte kunde se varandra och efter några timmar gav sin den polska armén från slagplatsen mot Linköping. Just under tillbakadragandet lättade dimman och hertig Karl kunde med sin numerärt överlägsna arme gå till angrepp. Karl var överlägsen i allt hans arme var större 18000 mot 8000 man och framför allt hade han tre gånger så många kanoner.
Efter stora förluster, Sigismund förlorade 25 % av sina soldater avblåstes striderna och hertig Karl kunde diktera sina villkor och var från denna stund i praktiken Sveriges regent. Sigismund och Karl träffades senare på dagen i Linköping för att äta tillsammans och under hövliga former diskutera framtiden. Därpå återvände han till Polen.
Slaget vid Stångebro var det sista större slag som utkämpades på svensk jord och var ovanligt blodigt för sin tid med många tusen dödade.
Efterspelet till slaget var Karls uppgörelse med rådsadeln som stött Sigismund vid Linköpings blodbad den 20.3.1600. Sigismunds förlust av Sverige ledde till det polska kriget att föra krig mot varandra från 1600-1629.