Lunds universitet tillkom inte av en slump. Dess grundande var en del i en mycket aggressiv försvenskning av Skåne. Skåne hade sedan medeltiden varit den rikaste delen av Danmark och det var därför naturligt att den förste ärkebiskopsstolen i Norden inrättades i Lund 1104. Mängder av krigståg hade genom århundraden dragit genom Skåne, men det var ändå en chock för befolkningen när den danske kungen inringats i København av den svenska armen sedan han förlorat hela sitt land. I detta läge hade kung Fredrik III ingen möjlighet att protestera när svenskarna krävde att få Skåne vilket ingick i fredsvillkoren i den fred som skrevs under i Roskilde 1658.
Karl X Gustav föreslog att man skulle inrätta en högre utbildningsanstalt i de nyli-gen erövrade danska områdena eftersom det närmaste svenska universitet fanns i Uppsala. Det var alltså ytterst avlägset i förhållande till universitet i København och de nordtyska universiteten. Kungens oväntade död i februari 1660 gjorde att frågan sköts på framtiden. 1664 godkände Riksdagen att inrätta ett nytt universitet och den 19 december 1666 utfärdades stiftelsebrevet. Efter det svenska maktövertagandet fanns stora jordegendomar som ägdes av danskar och som nu disponerades av staten och kyrkan. Avkastningen från inte mindre än 1200 gårdar skulle finansiera universitetets verksamhet. Invigningen av Academia Carolina, som var universitetets officiella namn, till minne av Karl X Gustav, skedde på Karl dagen den 28 januari 1668. Redan från början inrättades 16 professorstjänster och universitetets goda ekonomi gjorde att man kunde utrusta väl.
På grund av den danska invasionen 1676 och kriget, vars avgörande slag utkämpades utanför Lund samma år, lades verksamheten vid universitetet ner och först 1682 återupptogs undervisningen. Denna gång under helt andra förutsättningar. Den sparsamme Karl XI drog in större delen av de resurser som tilldelats universitetet och ända fram till 1800-talets mitt var Academin en landsortsskola, där det inte så sällan skedde att lärarna inte fick någon lön eftersom det inte fanns något att betala med. I mitten av 1700-talet var antalet studenter färre än 200 de flesta skåningar. Men universitetet hade inte mer än ca 700 studenter så sent som kring år 1900. Under det förra århundradet växte universitetet och genom dess förläggning till Lund har staden växt från en landsortshåla, till Sveriges 12 stad med nära 100.000 innevånare.