Det var när Johan III avled i november 1592 och på sjukbädden för första gången på flera år tog luthersk nattvard som den religiösa krisen i Sverige tog fart. Johan III skulle enligt arvföreningen efterträdas av sin son Sigismund som redan var kung i Polen. Sigismund gjorde ingen hemlighet av att han, med stöd från sitt polska rike, hade för avsikt att återställa den katolska tron i Sverige. Detta måste till varje pris stoppas och innan Sigismund hann göra entré beslöt hertig Karl att i februari 1593 sammankalla ett möte i Uppsala för att försöka nå fram till ett enhetligt beslut i den religiösa frågan. Detta möte kom att bli det viktigaste i svenska kyrkans historia.
Enhälligt beslöt man att kyrkan skulle återvända till reformationens godstjänstordning och kult enligt 1571 års kyrkoordning. På detta följde även en önskan om skärpt kyrkotukt. Till att bevaka denna åtstramning valde man en av liturgins mest fanatiska motståndare, den f.d. Gävlestudenten Abraham Angermannus. Flera av de framstående lutheraner som spelade en viktig roll vid Uppsala möte var just f.d. elever vid Gävle skola. Uppsala mötes huvuduppgift var dock att klart bestämma vad som skulle vara svenska folkets religiösa tro. Genom Gävle skola som vid den här tiden var mycket framstående hade en tyskbetonad ortodoxi, som inte hade något till övers för oliktänkande, trängt fram. Det avgörande beslutet gick ut på att de påviska, zwinglianska och kalvinistiska anhängarnas idéer förkastades, men att de för handelns skull fick tillstånd att vistas i riket så länge de inte förespråkade sin tro.
