Han föddes i Danmark den 14 juni 1645, son till en handlare i Ronneby och med en mor från Tyskland. Han blev tidigt föräldralös och skickades till släktingar i Småland.
Då Skåne blivit svenskt 1658 sändes Haquin Spegel till Lunds katedralskola för att studera. Han var elev där i fyra år och från 1662 besökte han, som traditionen bjöd, flera universitet på kontinenten. 1671 blev han fil.mag. vid den förta promotionen vid det nyinrättade Lunds universitet. Han blev samma år hovpredikant hos änkedrottningen. Några år senare blev han kung Karl XI biktfader och superintendent (ung underbiskop) för den skånska armen och blev kungen förtrogne. Han deltog i det skånska kriget och vigde kungen 1680. Efter sina insatser belönades han med att bli superintendent i Visby 1680-85 och var en viktig deltagare i de stora förändringar som kyrkan genomgick under dessa år och som resulterade i 1686 års kyrkolag.
1685-93 var han biskop i Skara 1693-1711 i Linköping och han karriär kröntes men att han valdes till ärkebiskop i Uppsala 1711 en post han innehade till sin död 17 april 1714.
Vis sidan av sitt ordinarie arbete ägande han sig år bibelöversättning, förklaringar till bibeln och främst åt psalmdiktning och en stor del av psalmerna i 1695 år psalmbok hade Spegel som upphovsman.
Född dansk blev han en av de mest kungatrogna svenskarna under sin tid och han tog tydligt ställning för sitt nya hemland under krigen mot hans födelseland. Hans födelsedag minns fortfarande genom att den dagen är hans namnsdag då Haquin är en variant på det gamla nordiska namnet Håkan.