1569 stod den lilla staden vid Gavleåns utlopp i ljusan låga. Det mesta av trästaden blev lågornas rov så också de historiska dokument som förvarades i staden. Det gällde arkiven i kyrkan, i fogdegården, i rådhuset och i skolan. Man skulle kunna säga att Gävles medeltid gick upp i rök detta år. Samtidigt förlorade Gävle större delen av sin flotta, 19 fartyg, vid Reval i Estland. Den kamp om handeln på Norrland som stått mellan Stockholm och Gävle löstes utan att några beslut behövde fattas då Gävle var oförmögen att driva en utrikes handel.
Det äldsta mantalet för Gävle som finns bevarat skrevs ned 1558. Det fanns då 228 skattskyldiga i staden 127 handelsmän, 88 fiskare och 13 köpsvennar. Enligt en mycket osäker uppskattning skulle detta betyda att staden hade en befolkning på omkring 2000 innevånare. 14 år senare och tre år efter katastrofens år 1569 fanns 169 skattebetalare och enligt samma beräkning kring 1700 innevånare. Staden byggdes snabbt upp igen, fogdegården blev ett slott under Johan III:s regering, rådhuset ett ståtligt stenhus och skolan återuppbyggdes. I skattelängderna kan vi läsa att skattebetalarna var 206 1578, 286 1598 vilket skulle innebära att befolkningen översteg 2200 vid århundradeskiftet.
Samma år som det första påbudet om mantalskrivning i kom Gävle sände Gustav Vasa ett brev till Gävle det sade kort och gott:

Aff Stocholm 12 Martij
Öpett breff för Her Larens Olaj Scholemestere vdi Gäffle opå tuå Lester Spanne-måle Tuädelenn Kornn och tredingenn Rogh wedh Tolffta Sochn i Tierpenn och Weslandz Sochnn j Rodenn till en behageligh tidh.

Larens Olaj eller Laurents Olaii hette egentligen Lars Olsson och kom från Gästrik-land, kanske till och med från Gävle. Han var rektor fram till 1562 då han fick en tjänst som kyrkoherde i Stockhom där han dog 1565.
Skolans undervisande personal bestod vid denna tid av rektor...och inget mer. Det var rektor som själv drev skolan, ibland med tillfällig hjälp. Först 1636 anställdes en ytterligare lärare vid skolan som fick titeln conrektor. Vi vet mycket lite om sko-lan under de första åren men många av studenterna blev ledande kyrkopolitker som Abraham Angermannus som om Laurentius Olai skrev följande:
”Med en enastående framgång och en visdom, som varit närapå änglalik, haven I fostrat ungdomen i Gefle och hela Norrland, till den grad att den då för tiden med all rätt stod i anseende över många andra skolor.” Få rektorer/lärare har fått ett sådant omdöme från sina elever men det visar att kvalitén på undervisningen redan från början låg på en hög nivå som sedan upprätthållits av de minst 1249 lärare som sedan dess ansvarat för utbildningen vid Vasaskolan.